珍宝岛药业以中国制造2025为指导，以“高质量制药”为核心，把质量体系建设延伸至公司生产经营的全过程，开展药品全生命周期质量研究和管理，从产品标准制定、药材源头控制、生产过程控制、产品放行控制、市场流通产品质量监测等多个环节入手，实现对产品从中药材到市场流通的过程质量控制,达到全面质量管理水平。重点开展药材种植、药品生产、药品经营方面GXP认证工作，获得11项GMP认证证书、4份GSP认证证书。

公司将质量建设作为企业生存发展的生命线，开创性地建立基于风险预警防控的质量多级内控标准体系，使质量管理实现了从事后控制向事前预防和过程控制的转变。公司制造管理中心下设理化检验室、仪器室、原辅料检验室、药理室、微生物检验室等，拥有理化、无菌、药理等检验能力，配备了洁净检测室，无菌检验室、微生物检验室和培养室，配备隔离器、生物安全柜、超净工作台、培养箱、集菌仪等设备，对原料、辅料、包材按最新国家标准的全项检验，为每个药品均制定了高于国家药品标准的公司内部质量控制标准，提高了药品关键检查项目的指标。

公司药品生产严格按照GMP要求实施，现有剂型的生产车间均已通过了GMP认证。质量管理体系(QMS)、环境管理体系(EMS)和职业健康安全管理体系(OHSAS)通过认证并有效运行，建立数字化、智能化的信息安全管理体系，形成基于生产质量管理的企业云平台。公司参与了13个国家药品标准和4个团体标准的制定，九个质量管理小组荣获“全国医药行业优秀质量管理小组”称号，获国家一等奖3个，二等奖6个。并荣获首届黑龙江省人民政府质量奖（提名奖）。公司质量控制中心和计量中心顺利获得CNAS检测实验室和校准实验室能力认可资格，质量控制水平、检验能力已经达到国家级实验室水平。